たまにFTPソフトでファイルやフォルダの削除ができなくて、困ることがありました
キャッシュフォルダなどに指定しておいて、ファイルの数が多くなりすぎると、途中で固まってしまうようです（詳しくはわからない）。
取りあえず解決したんですが、この辺の情報があまりなかったのでここにもメモを残しておきます。
ソフトはFFFTPです。
メニューの接続→ホストの設定→設定変更→高度
以上のように選択して「高度」の設定画面内にて
LISTコマンドでファイル一覧を取得
NLST -R を使って高速に再帰検索
この２箇所のチェックを外すと、今まで削除できなかったファイルやフォルダが削除できるようになりました。
フォルダ自体が開けないときも、右クリックで削除を選択すると時間はかかりますがちゃんと削除できました。
ただこの場合は、ファルダを開いてファイルを取捨選択しての削除はできない。